Las primeras Jornadas Nacionales de Ciencias del Mar tuvieron lugar en la ciudad de Puerto Madryn, en el año 1989, organizadas por dos instituciones directamente relacionadas con las Ciencias del Mar. Por un lado la Sede Puerto Madryn de la Universidad Nacional de la Patagonia San Juan Bosco, responsable de la formación de los recursos humanas, y por otro, el Centro Nacional Patagónico, dependiente del CONICET, que posee una larga trayectoria en la investigación científica marina. Declaradas de Interés Nacional, Provincial y Municipal (por la la Ciudad de Puerto Madryn), éstos encuentros continuaron siendo organizados por dichas instituciones durante los años 1991, 1993 y 2000 en los meses de septiembre. Se incorporan posteriormente instituciones como la Universidad Nacional de Mar del Plata y el INIDEP (2003), fusionándose por primera vez con otro importante evento como lo es el Coloquio de Argentino de Oceanografía, la UTN Facultad Regional de Chubut junto al CENPAT y la UNPSJB (2006), el Instituto Argentino de Oceanografía junto a la Universidad Nacional del Sur (2009) y el CADIC junto a la Universidad Nacional de Tierra del Fuego (2015).

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